Bienvenue sur Megafaune Marine

par Franck Pichot Doctorant en Biologie Marine

À mon propos

Professeur agrégé au sein du ministère de l’éducation nationale. J’enseigne dans la région de Porto-Vecchio (Corse du Sud) depuis l’année 2000.

Après plusieurs années d’enseignement, j’ai décidé de m’inscrire en doctorat au sein de l’UMR MARBEC (MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation) de l’Université de Montpellier.

Je suis donc inscrit en parallèle de mon activité de professeur en lycée en doctorat sous la direction de David Mouillot (UMR MARBEC), d’Olivier ADAM (Paris Sorbonne (Institut d’Alembert) et de Julie Deter (UMR MARBEC / Andromède Océanologie).

Ma recherche est axée sur la détection et le suivi des espèces de la mégafaune marine à l’aide de l’ADN environnemental (ADNe) afin de pouvoir estimer la biodiversité marine.

Mon étude aux échelles locales (Corse), régionale (Méditerranée occidentale) et globale (échelle mondiale) se concentre sur l’estimation de la biodiversité des élasmobranches (requins et raies) et espèces menacées.

Pour permettre une telle étude, l’élaboration d’une base de référence génétique est un incontournable. Pour ce faire, je collabore activement avec les pêcheurs, les aquariums, les musées ainsi qu’avec des scientifiques.

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Mes directeurs de thèse

David Mouillot

MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation

Université de Montpellier

Julie Deter

MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation

Université de Montpellier

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Olivier Adam

Université de La Sorbonne, Paris

Institut d'Alembert

Mon travail : Prélèvements des tissus

Prélèvement in situ

Profiter des échouages pour collecter les tissus de l'espèce afin d'en extraire l'ADN pour obtenir un code-barres génétique.

Tissus à partir des collections des musées

Un exemple de collaboration avec les aquariums :

Mon travail La création de notre base génétique de référence

ADN environnemental

« Dans une goutte d’eau sont trouvés tous les secrets de tous les océans »

Kahlil Gibran Jr.

Tous les êtres vivants laissent des traces d’ADN dans leurs environnements. Cet ADN peut être libéré en étant contenu dans l’urine, les gamètes, le sang, le mucus, la perte d’épiderme...

Pour la plupart des espèces on retrouve un barcode génétique correspondant à une séquence unique entourée de part et d’autre par deux séquences conservées chez tous les espèces appartenant au groupe étudié.

Exemple d’un barcode (source : Environmental DNA, Taberlet et al. 2018).

Collecte de l'ADN environnemental

La filtration d’eau de mer se réalise dans la mesure du possible en plongée sous-marine à l’aide d’une pompe spécialement conçue pour filtrer 30 litres d’eau pendant 30 minutes.

L’ADN présent dans l’eau de mer est alors retenu par un filtre de 0.22 μM. La limitation des manipulations en surface permet de diminuer les risques de contamination et de donc la présence de faux positifs lors de notre échantillonnage.

Cette méthode est utillisée entre 0 et 120 mètres de profondeur avec l’aide des plongeurs d’Andromède Océanologie.

Lors de prélèvements plus profonds (jusqu’à 1500m) nous utilisons une autre pompe paramétrable spécialement conçue pour résister aux fortes pressions.

La logistique est également assurée par la société Andromède Océanologie avec laquelle nous avons un partenariat.